پس از ورود به مشهد مقدس، کاغذهايي از براي آقاي حاجي آقا حسين قمي نوشته بودند، بدين مضمون که از منبر رفتن من مخالفت نمايد؛ زيراکه شخص ايشان در مشهد از روحانيون درجه اوّل بود که عموم مردم شيعه در خدمت او ارادتي داشتند، و در سفر اوّل هم با من سر لطف و محبّت داشت.
آقاي حاج آقا حسين قمي عالم عامل و کامل متقي، از مجتهدين درجه اوّل است. در سامرا مدّتي در خدمت مرحوم ميرزا محمدّتقي شيرازي و مرحوم ميرزاي بزرگ در تحصيل علوم دينيه اشتغال داشته است، و در زهد و تقوا و آثار حقيقت، در عراق عرب و عجم اشتهار دارد، و جمعي ربقه تقليد ايشان را به گردن افکنده‏ اند. سه سفر به حج بيت ‏اللّه مشرّف گرديده، و الحال در کربلاي معلّي ساکن، و به اشتغال افادات و افاضات روزگار مي ‏گذرانند. نويسنده در تعبّد به ديانت و تقوا کمتر نظيرش [را] ديده، الحال قرب هشتاد سال از مراحل زندگاني را طي فرموده.
بالجمله، چون معظم اليه کاغذهاي دشمنان اصفهاني را خوانده، از آن‏جايي که شخص ايشان در امورات نهايت طريق احتياط را مراعات مي‏ فرمايند، هميشه در اشخاص در چنين موارد متوقف مي‏ شدند؛ از اين روي مراوده خود را با من قطع فرموده، ولي به سکوت گذرانيدند، تا ببينند از طرف من چه معلوم مي‏شود. تا آن‏که در شب‏هاي ماه ذيحجه در مسجد گوهرشاد به موعظه مشغول بودم. پس از چند شبي که گذشت، يک روز در محضر آقاي حاجي آقا حسين مرا طلبيدند. وقتي رفتم ديدم جمعي از طلاب، نوشته ‏هايي در دست دارند و در مقابل آقا گذارده. وقتي من نشستم زبان اعتراض باز شد. معلوم شد که حرف‏هاي مرا نوشته بودند و در خدمت ايشان برده [تا] حکم کفري صادر نمايند و دوازده ايراد گرفته بودند. يک يک را خواندند.
اوّل: آن‏که من گفته بودم: هيئت علميه ديني را بايد رؤساي آنها اصلاح نمايند، و غير اهل را از جامعه خود دور نمايند.
دوم: آن‏که هرکس وارد تحصيلات ديني مي‏شود بايد هويت او معلوم باشد که اشخاص بيگانه بسيار به اين لباس درآمده، در صورتي که مقاصد ديگر داشته ‏اند.
سوم: آن‏که طلاب علوم دينيه بايد اوّلاً معاش خود را تأمين نمايند، که انتظار تأمين معاش خود را از طرف جامعه و موقوفات نداشته باشند.
چهارم: آن‏که دوره‏ هاي مقدّماتي را قدري مختصر کرده و به ذي‏ المقدّمه بپردازند.
پنجم: آن‏که علم اصول چون دامنه او وسعت پيدا کرد،ه به حدّي که از تمام علوم و معارف اسلامي طلاب را بازداشته، بايد اين علم تعديل شود، و دوره او بيش از سه سال طول نکشد.
ششم: آن‏که بايد در تحصيلات خود، دوره‏ هاي تاريخ اسلامي را کاملاً مطلع باشند؛ چه آن‏که بسياري از احاديث فهمش منوط به قضاياي تواريخ سياسي اسلامي است.
هفتم: علوم ملل و نحل را تا اندازه‏ اي بايد دارا شوند.
هشتم: آن‏که بايد يک درس مخصوص تفسير و فلسفه در اطراف آيات محکمات قرار دهند.
نهم: آن‏که از علوم جديده امروزي بايد به قدري که منوط به فهم بعض آيات قرآني است مطلع باشند.
دهم: از اوضاع حاضره دنيا باخبر باشند.
يازدهم: به هيچ وجه دخالت در امور سياسات و امورات مردم، غير از امور مربوطه به دين نداشته باشند.
دوازدهم: کسبي را که منافي با افادات علميه نباشد، با تحصيلات خود منضم نمايند.
تمام ايرادات بر اين دوازده ماده را شخص آقاي حاجي آقا حسين رد کردند، غير از ايرادات به سه ماده اخيره را [يعني] تحصيل علوم جديده، و عدم دخالت در امور سياست، و داشتن کسب متناسب. اين هم از بس بعضي از طلاب اصرار در تکفير داشتند، که از جمله شيخي ترک بود که خيلي عصباني و حمايت از حوزه علميه مي‏کشيد و زبان هم نمي‏ فهميد. راهي جز اين ديده نشد که اقرار بر بي‏ موضوع بودن اين مطالب نموده و بيرون آمدم؛ چه آن‏که قابل صحبت نبود، و يادم آمد فرمايش اميرالمؤمنين ‏عليه السلام که: <من لم‏ يؤدّبه أبواه يؤدّبه الزمان> کسي که پدر و مادر او را تربيت نکنند، و آنان که ديده بصيرت باز ننمايند و خود را ادب نکنند، يک روزي روزگار آنها را ادب خواهد نمود. چنان‏چه روزگار به تدريج دست اصلاح در اين صنف پديدار و دام ‏هاي پوسيده را پاره کرد

منبع:شجره طیبه