آیت الله سید محمد علی مبارکه‌ای(ره) در طول عمرگرانبهای خود بیش از پنجاه و دو جلد کتاب در موضوعات گوناگون  اخلاقی ، اعتقادی ، فلسفی ، تاریخی ، سیره شناسی ، اجتماعی و سیاسی به شرح ذیل تألیف نموده اند  

۱- اسرار حج

۲- اسرار و فلسفه‌ احکام اسلام

۳- اسلام خالص (در تغییر لباس در عصر پهلوی اول)

۴- انوارالسعاده در فضیلت بنی‌هاشم

۵- تاریخ اصفهان و ایران/ جلد۱

۶-تاریخ اصفهان و ایران /جلد ۲

۷-تاریخ اصفهان و ایران/ جلد۳

۸-تاریخ اصفهان و ایران /جلد۴

۹-تاریخ اصفهان و ایران/ جلد ۵

۱(که سفرنامه است)  تاریخ امکنه و بلدان

۱۱- تاریخ زندگی پیامبر اکرم(ص)

۱۲- تحصیل‌الثمن در شرح حدیث شریف حب‌الوطن

۱۳- ثمرات‌العلوم (کشکول )

۱۴- جامع‌العلوم/ جلد۱

۱۵- جامع‌العلوم/ جلد۲

۱۶- جامع‌العلوم /جلد۳

۱۷- جامع‌العلوم/ جلد۴

۱۸- جنه الاداء در آداب

۱۹- دیوان اشعار /جلد۱

۲۰- دیوان اشعار/ جلد۲

۲۱- دانشوران و رجال اصفهان /جلد ۱

۲۲-دانشوران و رجال اصفهان /جلد ۲

۲۳-دانشوران و رجال اصفهان /جلد ۳

۲۴-دانشوران و رجال اصفهان /جلد ۴

۲۵-دانشوران و رجال اصفهان /جلد ۵

۲۶-دانشوران و رجال اصفهان /جلد ۶

۲۷- راهنمای روحانیات و ریاضیات روحی

۲۸- سرادق دوشیزگان و سعادت ایرانیان

۲۹- سفرنامه‌ی غرب

۳۰- سوانح عمر

۳۱- یا نماز در اسلام  صراط‌المستقیم

۳۲- کشف‌المهلکات فی سموم‌المسکرات

۳۳- سرالغیب و کشف‌‌العیب

۳۴- مرأه الغیب (در اخبار غیبی و علائم ظهور)

۳۵- منهج القویم

۳۶- مثنوی سقراطیه

۳۷- مواعظ و منبرها

۳۸- نورالانوار در اولاد حضرت موسی بن جعفر (ع)

۳۹- نورالقدسی در احوال علامه مجلسی(ره)

۴۰- سفرنامه‌ی حجاز

۴۱- شجره مبارکه‌ای (زندگی خود نوشت)

۴۲- نقد افکار ابن تیمیه

۴۳- پیام مبارکه‌ای به سوی کسروی

۴۴- آیینه‌ی عبرت و زندان اصفهان

۴۵- اثبات‌الولایه و دلایل‌الامامه

۴۶- جنه‌السعداء و جنه‌الاتقیاء

۴۷- شرح حالات حافظ

۴۸- السیف القاطع والنوراللامع

۴۹- نورالسعاده

۵۰- بشارات کتب سماویه

۵۱- فهرست بحارالانوار

۵۲- منتخب احیاءالعلوم غزالی

لازم به ذکراست از موارد فوق کتاب های سرادق دوشیزگان و سعادت ایرانیان، صراط المستقیم یا نماز در اسلام ، کشف المهلکات فی سموم المسکرات ، نورالانوار و منهج‌القویم در زمان حیات معظم له و کتابهای مرأت الغیب ، اسلام خالص ، گزیده دانشوران و رجال اصفهان ، دیوان اشعار با عنوان «گزیده اشعار صفایی» و شجره مبارکه «زندگی خود نوشت» بعداز حیات ایشان به زیور طبع آراسته گردیده است. همچنین برخی از مقالات و شرح مسافرتهای ایشان به اقصی نقاط دنیا در بعضی از جراید داخلی و خارجی همچون مجله سبعه در لاهور، حبل المتین در کلکته و جریده سیالکوت در نجف اشرف به چاپ رسیده است

فهرست تفصیلی بعضی از آثار آیت الله مبارکه ای:

 «دانشوران و رجال اصفهان»

 از اول اسلام تا قرن چهاردهم، در پنج مجلّد به ترتیب حروف تهجّی. این کتاب دائرة المعارفی بسیار ارزشمند و حاوی مطالب تاریخی و علمی و کلامی و غیره، و به خصوص مشتمل بر اطلاعات ناب و منحصر به فرد از سرگذشت بسیاری از رجال و علمای متأخر اصفهان است. بر اساس حروف الفبا.

«ثمرات العلوم»

 به طرز کشکول، در دو جلد، که در ضمن جهان گردی تنظیم شده و از کلیة علوم در او مندرج است.

«شجرة مبارکه»، یا «خاطرات مبارکی»

در شرح حال مفصل مؤلف از ابتدای کودکی تا شرح کیفیت تحصیل در حوزة علمیة اصفهان و سیاحت‌ها و جهان گردی‌های او، با تاریخ هر شهری که وارد شده است، در چهار مجلد: هندیه، حجازیه، عراقیه و مصریه؛ جلد اول شرح حال و تاریخ زندگی مؤلف است و جلد دوم تاریخ مکه مکرمه است.

«آئینه عبرت و زندان اصفهان»

 خاطرات نه ماه زندان نویسنده در دوره پهلوی، مشتمل بر مطالبی ارزشمند در بیان تشریح کردار و اخلاقیات و روحیات مردم آن روزگار اصفهان.

«سرّالغیب و کشف العیب»

 در بیان طریق پیدا کردن حقیقت و رهایی از قیود تقلید‌های جاهلانه و طریق سیر و سلوک و مجاهدات نفسانیه و ریاضات شرعیه، در دو جلد.

« اثبات الولایة و دلائل الامامة»

 در عقاید شیعة امامیه و نقل مآخذ آن از کتب اهل سنت.

«جنة السعداء و جنة الاتقیاء»

در اعمال دوازده ماهه و سالیانه و عمری انسانی و دعاهای وارده و تکالیف یومیه با طرز فلسفی و عرفانی و ترجمه بسیاری از دعاها.

«شرح حالات حافظ»

 و شرح مشکلات از اشعار او.

«السیف القاطع و النوراللامع»

در رد عقاید ابن تیمیه و وهابیه به عربی.

«مرآةالغیب»

 در پیشگوئی‌های قرآن و ائمة طاهرین، علیهم السلام، که از راه عملیات جدیده و وقایع عالم به ظهور رسیده است.

«نور السعادة»

در فضیلت سیادت، مشتمل بر آیات و روایات و حکایات فراوان.

🔷گفتنی است که در ضمن مجلدات «تاریخ ایران و اصفهان» و «دانشوران و رجال اصفهان» و «خاطرات مبارکی»، برخی از مباحث متفرقه به گونة بسیار مفصل و در حدّ رساله‌ای مجزا بیان گردیده است، از جمله: «اسرار و فلسفه حج»؛ «تاریخ زندگانی حضرت رسول و جانشینان آن حضرت»؛ «تاریخ مکّه مکرّمه»؛ «فهرست بحارالانوار» و «منتخب احیاء العلوم غزالی».

• 

• 

•